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為達到將原有31萬公頃原農田水利會灌區灌溉服務範圍，逐步擴大到全國68萬公頃生產糧食農地，造福更多農民，並將農田水利基礎建設與農委會各項農糧政策資源結合之目的，全國17個農田水利會於109年10月1日改制納入為公務機關，成為農田水利署所轄17個管理處，其原有資產成立農田水利事業作業基金，專款專用於農田水利事業。為籌措農田水利事業經費，依據農田水利法第23條之規定，農田水利事業作業基金資產之使用、收益及處分均以活化收益方式辦理，不受國有財產法限制，農委會已訂定農田水利非事業用不動產活化收益辦法據以執行，以維持基金收益，永續利用於農田水利事業。
為增加農田水利事業作業基金收益，農田水利署於111年度與毗鄰國有財產署經管土地合作辦理臺北市中山區吉林段二小段土地、臺北市大安區仁愛段五小段土地招標設定地上權案，並委由國有財產署辦理公告、開標、後續契約管理作業，地上權存續期間為70年。
臺北市中山區吉林段二小段土地招標設定地上權案於111年10月17日標脫，農田水利署按土地面積比例分得權利金約1,939萬元，租金收益約1,732萬元；臺北市大安區仁愛段五小段土地招標設定地上權案，於112年1月16日標脫，農田水利署按土地面積比例分得權利金約1億2,550萬元，租金收益約8,660萬元。藉由農田水利非事業用土地結合國有非公用土地合作招標設定地上權，合計增加農田水利事業作業基金收益達2億4,881萬元。農田水利署將持續推動農田水利非事業用不動產活化收益，開創穩定財源，落實農田水利資產專款專用及永續經營農田水利事業之目標。
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