臺灣水資源的特點是山高、坡陡、流急，降雨時空分布不均，另一方面隨社經發展，灌溉水質亦可能受到影響，為解決現今臺灣農田水利事業面臨水量、水質問題，將符合灌溉水質標準的水源，適時、適量地輸送到適作農田，滋養大地灌溉作物，因此，本署將「把水留住，灌溉大地」作為施政願景，並以蓄豐濟枯、引水廣佈、智慧灌溉及取清防污四項策略落實灌溉政策。
於蓄豐濟枯方面，因地制宜興建中小型調蓄設施，加強取用豐水期灌溉水量，以調適因應氣候變遷，增加灌溉水資源運用韌性 ; 於引水廣佈面向，加速興修農田水利設施，強化渠道的輸水能力，除維護灌區內農民的權益外，同時進行多元水源檢討與開發，以不影響原灌區農民用水權益的方式，開啓服務灌區外農民新契機；另以水圳綠道結合藍帶與綠帶，創造景觀新元素，串聯水利文化、農村信仰及休憩地景，發揮農田水利生產、生態、生活之三生功能。智慧灌溉方面，藉由推廣現代化灌溉設施提昇灌溉效率，以達節水及省工雙項功效，另因產值、產量提昇，將可產生青農返鄉的動力，改善農村人口結構，協助農村創生；在取清防污方面，積極維護灌溉用水水質，經由跨部會合作執行水質監測，並將水質檢測國際標準化；另為提昇灌溉用水水質，加強管制廢污水排入灌溉渠道，期能澈底防止灌溉水質遭受污染。
本署成立是為了提供農民更好、更全面的灌溉服務，本署以政府機關的高行政協調效率及政府資源投入，迅速推展擴大灌溉服務政策，即是農田水利會改制納入公務體系會提供給農民共好灌溉服務的明證。未來，本署全體同仁更將與農民一樣秉持捲起褲管與衣袖打拼的精神，為臺灣農田水利事業，開創新格局。