有關今(25)日中國國民黨總統候選人侯友宜出席全國水利會意見表達會，聲稱農田水利會(以下稱水利會)改制納入公務機關後，灌溉溝渠都長草，水路不通，水利會的水被調給工業使用，若當選後將回復水利會制度，農業部農田水利署(以下稱農水署)特予回應說明。水利會於109年10月1日由公法人改制納入公務機關，主要原因係因社會環境轉變，水利會已無法充分發揮公法人制度功能，且為因應氣候變遷，需以政府角度來整體提高灌區內之水資源利用效率，節省作為灌區外適作農地之灌溉水源，將全國適作農地納入農田水利服務範圍，公平合理對待灌區內外農民，是政府必須採取的必要且負責的施政措施，憲法法庭亦於去(111)年8月12日宣告水利會改制完全合憲。
改制後，打破特權，公開招標，提升清淤除草效率，增設通報專線及專網
水利會改制後，圳路、埤塘、水庫清淤除草作業公開透明、日益精進，確保輸水通暢及設施功能正常，並經公開招標，訂有開口合約，遇有需用機具進行清疏工作時，可隨時請廠商前往處理。改制前，水利會平均年度清淤量僅159萬立方公尺，清淤案件平均處理時間為8.2天；改制後，農水署平均年度清淤量增加至253萬立方公尺，清淤案件平均處理時間縮短至4.6天，清淤量能及效率均大幅提升。此外，農水署除原本就有定期清淤及工作站受理民眾通報機制之外，今年5月再新增免付費通報專線(0800-788717，0800請幫忙清一清)及圳路清淤通報網(https://www.channelmm.ia.gov.tw)，讓民眾以一通電話或上網通報方式，在1分鐘內即可完成通報，大大提升通報效率，藉由公私協力，提高圳路清淤成效。
改制後，農業水權沒有減少，而且服務更多農民
有關中國國民黨總統候選人侯友宜表示「水利會的水調去給工業使用」一節，農水署進一步說明，水利會改制後，原登記於水利會之水權，改登記於農水署，農業水權沒有減少，繼續服務農民，並未犧牲農民用水權益。
在改制前，因水利會本位主義，未能將農田水利資源分享至鄰近適作農田，因此臺灣有很多農田沒有辦法享受到灌溉服務。水利會改制後，農水署藉由灌溉效率提升，在不影響原灌區農民灌溉權益下，短短3年3個月內，擴大提供5.6萬公頃農田穩定的灌溉用水，讓8萬多位農民不再飽嚐缺水之苦，這是過去水利會體制，數十年來完全無法達成的績效。未來農水署將持續推動擴大灌溉服務工作，預計將於114年擴增到8.8萬公頃。
改制後，公開透明有制度，興利防弊皆有成
農水署進一步說明，農水署成立後，立即邀集相關機關、專家學者等，制定相關典章制度，並加強教育訓練，使全國各地管理處員工以公開、公正、公平、透明的作業方式，辦理各項農田水利業務。在健全的制度下，農水署成立短短3年3個月內，即榮獲國家永續發展獎、國家卓越建設獎、公共工程金質獎、優良農業建設工程獎、資誠永續影響力獎等多方肯定。另一方面，改制前農田水利會人員多達257人遭法院判決有罪；改制後，迄今無人遭法院判刑，連遭地檢署起訴都沒有，顯見農田水利改革，不論在興利或防弊，皆卓然有成。
改制成效顯著，不能走回頭路
農水署強調，衡諸當前社會環境及未來氣候變遷所帶來的新挑戰，農田水利公法人組織已無法解決複雜多元的問題，改制為公務機關，由國家直接整合跨部門資源，方能處理日益複雜困難的農田水利水源規劃、調度、水質、防災、應變等課題，並跨域創造新價值。改制後，農田水利行政即屬政府整體施政之一環，更受民意機關乃至全體國民之監督，農水署推行各項農田水利工作不曾懈怠，更加積極服務農民用水需求。水利會改制成立農水署，迄今3年3個月，各項改制成效陸續呈現，未來將持續深化改革，期盼各界繼續支持農田水利改制工作。