壹、職掌
農田水利署掌理下列事項：
一、農田水利政策與法規之規劃、研擬、協調、執行及推動。
二、農田水利事業灌溉管理組織設置、監督、輔導與管理規章之研擬及推動。
三、農田水利之研究及國際交流。
四、農田水利事業作業基金使用、收益、處分、保管制度之研擬、推動及執行。
五、農田水利資源調查之規劃、推動及協調。
六、農業灌溉水源工程之規劃、執行及推動。
七、農田水利災害防救業務之規劃、執行及推動。
八、農田灌溉、農田排水與農地重劃完成地區等農業工程更新改善計畫之規劃、督導、執行及推動。
九、農業灌溉水質管理、農業灌溉用水之調度與協調、農田水利設施維護與管理之規劃、執行、推動及督導。
十、其他有關農田水利事項。
貳、辦理業務
署長綜理署務，並指揮、監督所屬人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：
文稿之綜核及代判、機密及重要文件之處理、各單位之協調及權責問題之核議、重要會議之籌辦及其他交辦事項。
總工程司權責如下：
工程部門文稿之綜核及代判、工程部門機密及重要文件之處理、工程部門各單位之協調及權責問題之核議、工程部門重要會議之籌辦及其他交辦事項。
本署組室部門包含下列：
綜合企劃組、農田水利管理組、農田水利建設組、秘書室、人事室、政風室及主計室。
其中人事室掌理農田水利署人事事項，政風室掌理農田水利署政風事項，主計室掌理農田水利署歲計、會計及統計事項；另綜合企劃組、農田水利管理組、農田水利建設組、秘書室之掌理事項如下：
一、綜合企劃組
(一) 農田水利政策、方針與措施之規劃、研擬及協調。
(二) 農田水利施政計畫、中長程、年度計畫、科技計畫之訂定、規劃協調及專案計畫之管考。
(三) 農田水利刊物之出版、輔導與國際事務之研究、交流及協調。
(四) 農田水利相關財團法人業務之輔導及考核。
(五) 農田水利事業灌溉管理組織人事政策、人員甄試與人才組訓之研擬及規劃。
(六) 農田水利事業作業基金之存儲運用等財務管理、非事業用土地資產使用、收益、處分制度之研擬、執行與資產投資計畫之運用開發評估及推動。
(七) 農田水利相關法規訂修及解釋之研擬。
(八) 農田水利相關訴願、訴訟、國家賠償案件之諮詢及處理。
(九) 其他有關綜合企劃事項。
二、農田水利管理組
(一) 農田水利資源之調查及農業灌溉水資源之規劃。
(二) 農田水利灌溉營運管理、灌溉技術發展、灌溉資訊系統工程之規劃、設計、興建與相關人員培育之規劃、推動及監督。
(三) 農業灌溉水資源調配、亢旱調撥支援民生及工業用水之協調、推動及監督。
(四) 灌溉水質管理政策、水質監測計畫之規劃、推動、協調及監督。
(五) 灌溉用水污染之介入查察、取締、裁處作業與相關人員訓練之規劃、推動、協調及監督。
(六) 灌溉用水品質檢驗、專任檢驗人員訓練之規劃、推動、監督及協調。
(七) 農田水利設施整備、災害防救緊急應變業務及災害搶修(險)工程之監督。
(八) 農田水利設施、取(引)水工程、調蓄設施管理與養護之規劃、設計、推動、協調及監督。
(九) 管路灌溉設施工程之規劃、設計、推廣、試驗研究與節約農業灌溉用水措施、農田水利技術士技能檢定之規劃、輔導及推動。
(十) 其他有關農田水利管理事項。
三、農田水利建設組
(一) 農田水利工程之進度管控、規劃、協調及監督。
(二) 農田水利工程品質、職業安全衛生之管理、審議、查核及監督。
(三) 農田水利工務行政、工程契約範本與施工規範之研擬、規劃、協調及推動。
(四) 農田水利工程興辦與更新改善等計畫之規劃、輔導、協調、推動及監督。
(五) 農業灌溉水源工程開發利用之協調、推動及監督。
(六) 農地重劃完成地區設施、農水路興辦及改善計畫之規劃、協調、推動及監督。
(七) 農業生產環境改善計畫工程與品質之規劃、協調、推動及監督。
(八) 農田水利設施天然災害復建工程之規劃、推動及監督。
(九) 農業工程人力培訓與技術改進之調查、研究、策劃、監督及推動。
(十) 其他有關農田水利建設事項。
四、秘書室
(一) 印信典守及文書、檔案之管理。
(二) 議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
(三) 本署辦公廳、宿舍、公務車等財產之管理。
(四) 國會與地方聯絡、媒體公關事務政策之規劃、研擬、執行及管考。
(五) 不屬其他各組、室事項。
參、人力配置
本署法定編制員額職員128 人，配置預算員額職員78 人；另有17個管理處。
農田水利署之設立根據地理環境及經濟利益而定，冠以所在地區或其水系埤圳之名稱，目前臺灣地區共設立十七個管理處，其中央主管機關為農業部農田水利署。
一、管理處辦理事項
依據「農田水利法」第18條規定，主管機關為辦理農田水利事業區域之灌溉管理，得於所屬機關內設置灌溉管理組織，辦理下列事項：
- 農田水利用水調配及管理。
- 灌溉用水秩序維護及水利小組業務輔導。
- 農田水利設施興建、管理、改善及維護。
- 農田水利設施災害預防及搶救。
- 灌溉管理組織內專任職員（以下簡稱農田水利事業人員）之人事管理。
- 農田水利事業作業基金所屬資產管理及收益。
前項灌溉管理組織專任職員之訓練及進修事項，得委由主管機關捐助設立財團法人辦理。
第一項灌溉管理組織之設置、辦理事項之範圍及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。
二、農田水利灌溉管理事業
農田水利署主要任務首推灌溉管理，在水資源開發日益困難下，農田水利署配合政府政策加強農田水利設施更新改善及推廣設置省水管路灌溉設施，有效掌控各灌溉系統水源水量，作最適調配營運，並防止灌溉水源遭受污染。乾旱時期採行節水措施以濟不足，雨期善用水利設施及水田機能，將多餘河川逕流水灌滿田間，藉田間土壤滲透以補注地下水資源，並藉水田田梗所築空間蓄存雨水以調洪，促進水土資源調合利用及生態合諧，確保水土資源永續利用，維繫農業永續發展，其對地區之生態還境及生活環境提供直接與間接之機能與貢獻，兼具「生產」、「生態」及「生活」等三生功能，受益對象除「農民」外，包括「全體國民」。
